הבית נבנה בשנת תר"ס, 1900, על-ידי יעקב ובתיה קנר שהתיישבו בראשון-לציון בשנת 1886. יעקב קנר היה איכר ויו"ר ועד המושבה. בני הזוג הורישו את הבית למועצה המקומית.
המבנה ייחודי בצורתו הארכיטקטונית ונושא מאפייני בנייה קולוניאליים. בחזית הבית עוגני ברזל בצורת האותיות י.ק. – ראשי תיבות שמו של בעל הבית.
בשנים 1940- 1985 שימש הבית כבית "מגן דוד אדום" ובחצרו שכנה תחנת מכבי האש. בימי טרם מדינה שימש גם כמפקדה של "ההגנה" והוטמן בו "סליק". בשל מצב הביטחון הרעוע בדרכים בעת במלחמת העצמאות (1948), פעל במרתף בית-חולים עם חדר ניתוח. בעבר שמש הבית כגלריה עירונית לאמנות.
בית קנר חדל לשמש את הגלריה העירונית, שעברה לקומת הקרקע של בית לונדון, במתחם המוזאון. במקום פועלת היום חממה עירונית לחברות הזנק (סטארט-אפ).