חצר המוזיאון
כוללת בתוכה את חצר בית הרפואות והקליניקה ואת חצר בית שליט. בחצר נטועים עצים שונים, חלקם מימי ראשית המושבה (איקליפטוסים, תות, קזוארינה וחלקם עצים שניטעו בשנים האחרונות). העצים עתיקים כחדשים מייצגים את ענפי המטעים שהיו מקובלים במושבה בעשורים הראשונים לייסודה (גפן, שקד, זית, תפוז, תות) ומשחזרים את הצמחייה שהייתה בחצר שליט .
בחצר המשק של אליעזר אלחנן שליט ניצבים בית המשפחה והאורווה. מכלול יחיד של בית מגורים מן השנה הראשונה לייסוד המושבה ומבנה משק ששרדו בראשון-לציון. לצד האורווה ניצב דיליז'אנס – עגלת נוסעים הרתומה בדרך כלל לשני סוסים ובתוכה מקום לששה עד עשרה נוסעים.
במתחם חצר שליט הוקם בית לשם "בית החקלאים הראשונים" המהווה את מרכז ההדרכה של המוזיאון.
בעבר שקקה החצר חיים חקלאיים. בחלקה האחורי היה מטע זיתים. אליעזר אלחנן שליט נחשב לחלוץ מגדלי הזיתים במושבות העבריות. לצד בית המשפחה ניטע עץ זית והוצב שחזור של המתקן הביתי להפקת שמן זית אשר היה כאן בימים בהם התגוררה המשפחה בבית.
בחצר מספר תצוגות קבע:
תערוכת כלים חקלאיים, הדיליז'אנס ושחזור מתקן ביתי להפקת שמן זית.
