מוזיאון ראשון לציון מציג את תרומתה של ראשון לציון ליצירת סמלים וערכים לאומיים ארץ ישראליים. במסגרת זו נפתח במוזיאון המיצג האור קולי "הדגל ממקור ראשון" אודות דגל כחול לבן הראשון בעולם שעוצב והונף בראשון לציון בחגיגת שלוש שנים למושבה, ט"ו באב תרמ"ה, 27 ביולי 1885.
המיצג מבוסס על מקור היסטורי אישי ובן הזמן, מכתבו של יוצר הדגל, ישראל בלקינד, לחברו זאב דובנוב, שנכתב כחודש ימים לאחר יצירת הדגל והנפתו. המבקרים לוקחים חלק באירוע ההיסטורי של יצירת הדגל והנפתו וצועדים עמו בדרכו להיות לדגל מדינת ישראל. במהלך המיצג מתגלה משמעותו ההולכת ומתעצמת של הדגל בתולדות הציונות והמדינה ומקומו באירועים מכוננים המלווים את חיינו בעבר ובהווה.
המיצג שוכן במבנה היטסורי מראשית ימי המושבה, בית הייסמן שנבנה בשנת 1882. בבית מוצגות שתי תערוכות הקשורות הן לסמלי לאום שנוצרו בראשון לציון והן לבית עצמו. בקומה העליונה הצופה גם היום על עבר המקום שבו הונף הדגל לראשונה (כיום כיכר המייסדים), ממוקם המיצג "הדגל ממקור ראשון". במרתף שבו התגורר נפתלי הרץ אימבר, משורר התקווה, מוצגת התערוכה "ראשון לציון ערש הולדת המנון התקווה".
מוזיאון ראשון לציון פועל למען חשיפתו והצגתו של הסיפור ההיסטורי פורץ הדרך של המושבה ראשון לציון אשר ראשוניה שבהם היו אנשי חזון והשכלה, לקחו חלק משמעותי ביצירת הבסיס להקמתה של מדינת ישראל.